Le diagnostic de maladie de Crohn est parfois difficile à poser, en particulier, il faut le distinguer d'une rectocolite hémorragique. La présence d'anticorps anti saccharomyces cerevisiae est en faveur d'une maladie de Crohn, au contraire des anticorps anti X-ANCA qui orientent plutôt vers une rectocolite hémorragique